使用安瓿熔封機進行熔封后，第二天用忒斯拉線圈檢驗真空度，確認無針孔無裂紋。只有無針孔無裂紋才能確定安瓿熔封機熔封成功。另外，把安瓿冷藏數日，然后恢復到室溫再檢驗真空度亦可。也有人在1—2天后和10天后再次檢驗。有人為了堵塞由于安瓿熔封機熔封后的安瓿在冷卻過程中產生的應變所導致的針孔，在熔封部分預先涂抹苉(picene)、環氧類樹脂(araldite)以及固體石蠟和高真空化合物(一種防止漏氣的性能較強的膠狀物)的混合物(1：3)。

　　如果特別注意到真空的安瓿開封時從外部吸入雜菌的危險性，可在安瓿內封入干燥氮氣。使用氮氣時，首先，把安瓿里的空氣抽掉，充滿一氣壓的千燥氮氣(通過含堿性焦性沒食子酸吸收其中氧氣)，再次抽氣。同樣的操作反復2次，充滿干燥氮氣熔封。但是，熔封氮氣并不能期待冷凍干燥菌的保存效果比真空熔封時還要好。而且，此法還有不易判斷熔封是否完整的缺點。

　　管形瓶的真空封塞如下：干燥完畢后，從外部用手柄進行操作，以干燥機小室內部的封塞板對橡膠塞加壓二次。如果使用大型機，則靠按鈕操作使干燥架上下移動，加壓封塞。封塞的管形瓶，待干燥機內恢復常壓后取出，用忒斯拉線圈檢驗真空度，套上鋁帽擰緊，冷藏數日后，再次確認真空度。